广州市南沙区人民法院成立于2005年9月29日，是目前广州市最年轻的基层人民法院之一。2015年11月28日，广东自由贸易区南沙片区人民法院（以下简称南沙自贸区法院）获最高人民法院批准设立，管辖广东自由贸易区南沙片区内的案件，与广州市南沙区人民法院实行一个机构两块牌子，其上一级法院为广东省广州市中级人民法院。2015年12月30日广东自由贸易区南沙片区人民法院正式揭牌成立。
  广州市南沙区人民法院（广东自由贸易区南沙片区人民法院）现有10个内设机构，分别是政治部（机关党委、督察室）、综合办公室、审判管理办公室（研究室）、司法警察大队、立案庭（诉讼服务中心、自贸区商事调解中心）、刑事审判庭、民事审判庭（家事少年审判庭）、知识产权审判庭、综合审判庭（涉外审判庭）、执行局；四个派出法庭，分别是南沙人民法庭、万顷沙人民法庭、大岗人民法庭和东涌人民法庭；1个事业单位，即机关服务中心。
  建院以来，南沙法院受到省级以上表彰的先进集体13个，先进个人19人次；受到市级表彰的先进集体74个，先进个人116人次；受到区委、区政府表彰的先进集体97个，先进个人156人次。在2011年广东省法院人民满意度评查中，在全省128个基层法院中高居第七位。2012年，荣获广州市法院系统集体三等功，被广东省法院授予“无执行积案先进法院”的称号，团支部亦获评“2011-2012年度广东省五四红旗团支部”“2012年度全国五四红旗团支部”。2014年，南沙法院被授予“2013年度全市基层法院工作先进单位”“广州市模范职工之家”“广东省模范职工之家”等称号，同时被评为“广州市法治文化示范点”，其中南沙人民法庭被中华全国总工会授予 “全国工人先锋号”称号。2016年，南沙法院工会被中华全国总工会授予“全国模范职工之家”称号；南沙法院被广东省委授予“广东省依法治省工作先进单位”称号；2018年，我院诉讼服务中心被省法院评为“广东法院诉讼服务示范窗口”，法警大队被广东省高级人民法院评为“全省法院司法警务规范化建设等级评定‘一级警队’”，我院被广东省高级人民法院授予基层法院集体二等功;2019年1月，南沙法院被授予“全国优秀法院”称号;2020年5月,我院南沙人民法庭获评“全国法院人民法庭工作先进集体”。

  依法独立行使审判权，接受上级法院的监督和指导，对南沙区人民代表大会及其常务委员会负责并报告工作。其主要职责是：
  （一）审理法律规定、上级人民法院指定的由区法院管辖和区法院认为依法应当由本院审判的刑事、民事等第一审案件。
  （二）审查和处理不服本院判决、裁定的各类申诉和申请再审案件以及审理上级法院指令再审的案件。
  （三）审判由上级人民法院根据人民检察院的抗诉而指定本院审理的案件。
  （四）依法行使司法执行权，执行本院发生法律效力的判决、裁定和决定，以及法律规定应当由本院执行的其他法律文书。
  （五）对有关法律、法规、规章草案提出意见。
  （六）对案件审理中发现的问题提出司法建议。
  （七）负责本院思想政治、教育培训和纪检、监察等工作，按照干部权限管理法官和其他人员。
  （八）结合审判工作宣传法制，教育公民自觉遵守宪法和法律。
  （九）承办其他应由本法院负责的工作。